La propuesta educativa del Bachillerato Pedro Arrupe SJ, parte del contexto actual de los jóvenes y busca implementar estrategias pedagógicas que ofrezcan a los alumnos elementos suficientes para desempeñarse en los ámbitos personal, académico y profesional. El Bachillerato, al ser General, tiene la responsabilidad de proponer a sus alumnos un marco curricular que brinde formación integral en áreas de conocimiento general, así como disciplinar y a la vez considerar las aspiraciones y los intereses vocacionales de sus alumnos. De esta manera logra brindarles una adecuada formación propedéutica que fortalezca sus conocimientos y habilidades para que de esta forma logren desarrollar las competencias necesarias para su ingreso a nivel de educación superior y tener un buen desempeño en él. El Bachillerato Pedro Arrupe SJ incorpora en su plan de estudios los principios básicos de la Reforma Integral de la Educación Media Superior basado en el Marco Curricular Común con el enfoque de desarrollo de competencias genéricas y disciplinares.